O Comando de Operações Especiais Navais (NAVSOCOM - Naval Special Operations Command) é um comando independente da Marinha das Filipinas, treinado em operações especiais, sabotagem, guerra psicológica e não convencional, fortemente influenciado pelos SEALs da Marinha dos Estados Unidos. O Comando tem sede na Base Naval Heracleo Alano Sangley Point, na Cidade de Cavite. Possui onze unidades localizadas em várias regiões das Filipinas, desde a Base Operacional Naval de San Vicente, em Santa Ana, Cagayan, ao norte, até a Estação Naval de Zamboanga, ao sul. As tarefas da unidade também foram expandidas para abranger todas as facetas da guerra não convencional em ambientes marítimos e fluviais. Isso inclui, entre outros, demolição, resgate de reféns, força de proteção e operações táticas marítimas. A unidade predecessora do NAVSOCOM, a Equipe de Operações Subaquáticas ou UOT (Underwater Demolition Teams), foi ativada em 5 de novembro de 1956 como uma unidade de operações especiais da Marinha. Seguindo o modelo das Equipes de Demolição Subaquática da US Navy e da Decima Flottiglia MAS italiana, com modificações para as condições filipinas, desde sua fundação a UOT foi encarregada de conduzir operações subaquáticas em hidrovias, áreas litorâneas e portos em apoio às operações navais. Estas incluíam desativação de explosivos subaquáticos, contramedidas de minagem, e busca e salvamento. Em 1959, a UOT foi expandida e renomeada como Unidade de Operações Subaquáticas (UOU - Underwater Operations Unit), posteriormente como Grupo de Operações Subaquáticas (UOG - Underwater Operations Group). O UOG foi então renomeado para Grupo de Guerra Especial (SWG - Special Warfare Group) em 1983, depois para Grupo de Guerra Especial Naval (NSWG - Naval Special Warfare Group) e, posteriormente, como Grupo de Operações Especiais Navais (NAVSOG - Naval Special Operations Group) em 30 de maio de 2005. Em 7 de julho de 2020, a unidade tornou-se o Comando de Operações Especiais Navais (NAVSOCOM), quando foi separada da Frota das Filipinas. Em 19 de junho de 2024, um comando ficou ferido durante combates com oficiais da Guarda Costeira Chinesa, após sua embarcação conduzir uma operação de interceptação próximo a  Thomas Shoal ( também conhecido como Ayungin Shoal, Bãi Co Mây e Rén'ài Jiao, é um recife submerso nas Ilhas Spratly, no Mar da China Meridional, 105 milhas náuticas a oeste de Palawan, nas Filipinas. É um território disputado e reivindicado por várias nações). A unidade é especializada em operações Marítimas, Aéreas e Terrestres (SEAL), que abrangem reconhecimento, combate corpo a corpo, demolição, Inteligência e operações subaquáticas, em apoio a operações navais em geral. A unidade ganhou destaque em diversas operações antiterrorismo, principalmente contra o Grupo Abu Sayyaf, e é conhecida por seu exigente programa de treinamento físico, baseado no programa SEAL da Marinha dos Estados Unidos.

O treinamento do NAVSOCOM é conhecido como Curso Básico de Operações Especiais Navais (BNSOC - Basic Naval Special Operations Course). É física e mentalmente exigente e considerado um dos programas de seleção militar mais rigorosos do mundo. Os candidatos precisam nadar 3 quilômetros e correr 10 quilômetros todos os dias. Além disso, devem nadar 14,6 milhas náuticas de Roxas Boulevard, em Manila, até Sangley Point, na cidade de Cavite, sem descanso. Eles também passam pela "Semana do Inferno", considerada a semana mais exigente do treinamento. Os candidatos devem realizar provas físicas exigentes em equipe com suas tripulações de barco, sem dormir durante uma semana inteira. Em uma turma do BNSOC, normalmente apenas 25% dos candidatos que iniciaram originalmente o programa de treinamento, conseguem completá-lo com sucesso. Essas são apenas as fases comuns e básicas do treinamento, evoluindo posteriormente para as fases avançadas (incluindo resistência a interrogatórios), cujas técnicas permanecem altamente confidenciais. De acordo com a lei filipina, mulheres podem se candidatar para se tornarem SEALs, mas até o momento nenhuma o fez. Os futuros comandos navais passam ainda pelos cursos de especialização e exercícios em campo, que duram quatro meses e pode frequentemente se estender por seis, com intervalos entre as fases. Existem semelhanças entre o Comando de Operações Especiais Navais das Filipinas e o Comando de Guerra Especial Naval dos EUA. Os operadores do filipinos são treinados e operam de maneira semelhante aos US Navy SEALs. Seu emblema inclusive usa um tridente parecido com o famoso patch da unidade americana. A contraparte filipina do Grupo de Desenvolvimento de Guerra Especial Naval dos EUA (DEVGRU - United States Naval Special Warfare Development Group) é o Grupo de Reação Especial Naval das Filipinas (SRG - Special Reaction Group), que opera sob a direção da Inteligência Naval. Eles treinam frequentemente com seus colegas americanos e operam ao lado dos Fuzileiros Navais das Filipinas e do Comando de Operações Especiais do Exército das Filipinas (SOCOM). Os comandos do NAVSOCOM tiveram seu "batismo de fogo" ao atuarem, juntamente com Forças regulares e de Operações Especiais do Exército, ao cerco da cidade de Marawi, um conflito armado de cinco meses de duração, entre as forças de segurança do governo filipino contra militantes afiliados ao Estado Islâmico, incluindo os grupos jihadistas salafistas Maute e Abu Sayyaf. A batalha também se tornou o mais longo combate urbano da história moderna do país. Militantes do grupo Maute atacaram o Campo Ranao e ocuparam vários prédios na cidade, incluindo a Prefeitura de Marawi, a Universidade Estadual de Mindanao, um hospital e a cadeia da cidade. Eles também ocuparam a rua principal e incendiaram a Catedral de Santa Maria, a Escola Ninoy Aquino e o Colégio Dansalan, administrados pela Igreja Unida de Cristo nas Filipinas. Os militantes também fizeram um padre e vários fiéis reféns. Em 23 de outubro, o Secretário de Defesa das Filipinas, anunciou que a batalha de cinco meses contra os terroristas em Marawi havia terminado.

O NAVSOCOM é composto pelas seguintes unidades: Quartel-General; Grupo SEAL (SEALG); Grupo de Embarcações Especiais (SBG); Grupo de Mergulho Naval (NDG); Grupo de Desativação de Explosivos Navais (NEODG); Grupo de Apoio ao Combate (CSSG); e Centro de Treinamento e Doutrina (NSOTDC). As Unidades de Operações Especiais Navais (NAVSOUs), cada uma composta por 3 a 6 equipes de operações especiais, e cada equipe com 8 efetivos (1 oficial e 7 praças), são designadas da número 1 até a número 11. Os comandos estão equipados com pistolas semi-automáticas Glock 17, calibre 9mm, fuzis de assalto HK-416 e Colt Commando M4, ambos no calibre 5.56mm, submetralhadoras HK MP-5, calibre 9mm, metralhadoras M60E5/E6, calibre 7.62mm, fuzis de precisão (sniper) M110A2, calibre 7.62mm, sistemas de visão noturna PVS-14 e PVS-31, entre outros. Dez lanchas rápidas foram adquiridas pela unidade em dezembro de 2020.