A unidade foi idealizada pelo Capitão Theodor von Hippel que, após ter sua ideia rejeitada pelas Forças Armadas, procurou o Almirante Wilhelm Canaris, comandante do serviço de inteligência alemão a Abwehr, a quem propôs a criação de pequenas unidades, treinadas em sabotagem e fluentes em línguas estrangeiras, que pudessem operar atrás das linhas inimigas e causar estragos nas estruturas de comando, comunicação e logística do inimigo. Inicialmente, Canaris opôs-se à proposta, mas algum tempo depois o Estado-Maior do Exército emitiu uma diretriz autorizando a criação de "uma companhia de sabotadores para o Ocidente". Como parte do 2º Departamento da Abwehr, Hippel foi encarregado de criar a unidade. Oficialmente denominada Bau-Lehr-Bataillon z.b.V. 800 (800º Batalhão de Instrução de Engenharia para Missões Especiais). No entanto, a designação pela qual a unidade ficou mais conhecida posteriormente, "os Brandenburgers", derivou do nome de seu primeiro aquartelamento permanente, nos arredores da capital Berlim, no Estado de Brandenburgo. O treinamento dos homens da unidade variava de cinco a sete meses e incluía instrução em reconhecimento, natação, combate corpo a corpo, demolições, tiro com armas alemãs e aliadas, táticas convencionais de infantaria e outros treinamentos especializados. A maior parte do pessoal era fluente em outros idiomas, o que lhes permitiu, por exemplo, infiltrar-se nos Países Baixos em 1940 disfarçados de tripulações de barcaças holandesas, pouco antes do início da invasão. Em 1941, eles precederam a invasão da Iugoslávia operando secretamente como trabalhadores sérvios. Na noite anterior ao início da Operação Barbarossa, homens do Regimento Brandenburgo cruzaram a fronteira soviética disfarçados de trabalhadores soviéticos e soldados do Exército Vermelho. Outros vestiam trajes árabes para realizar o monitoramento de navios de guerra aliados que atravessavam o Estreito de Gibraltar, antes do deslocamento da Wehrmacht para o Norte da África. Da mesma forma, o Departamento II da Abwehr, ao qual a unidade estava subordinada, possuía subcomponentes distintos para operações do Exército, da Marinha e da Força Aérea. Muitos dos integrantes do Brandenburgo eram figuras pouco convencionais, dificilmente classificáveis como soldados tradicionais, em grande parte devido à natureza de suas operações. Eles se infiltravam em formações militares inimigas, anulavam ordens secretamente, redirecionavam comboios militares e interrompiam comunicações, tudo isso enquanto coletavam informações de inteligência. À frente das forças que invadiam a URSS, seus agentes tomavam pontes e instalações estrategicamente importantes em missões clandestinas que duravam semanas, até que se reunissem às forças alemãs que avançavam.

Apesar da aparente falta de experiência prévia, as exigências impostas a esses comandos recém-formados eram elevadas. Era obrigatório que fossem voluntários para essa função, esperava-se também que fossem ágeis, capazes de improvisar, dotados de iniciativa e espírito de equipe, altamente competentes em línguas estrangeiras e no trato com cidadãos de outras nacionalidades, além de capazes de desempenhos físicos extremamente exigentes. Na noite anterior à invasão da Polônia (Plano Branco), em setembro de 1939, pequenos grupos de forças especiais alemãs, vestindo trajes civis, cruzaram a fronteira polonesa para tomar pontos estratégicos-chave antes do amanhecer do dia da invasão. Isso fez deles a primeira unidade de operações especiais a entrar em ação na Segunda Guerra Mundial. A Polônia foi um começo, mas sua verdadeira contribuição para o esforço militar alemão veio durante a invasão do Ocidente em 1940. Em 8 de maio de 1940, os Brandenburgers, vestindo uniformes holandeses, cruzaram a fronteira com a Holanda. Seu alvo era a ponte sobre o rio Meuse em Gennep. Às 2h da manhã do dia 10 de maio, justamente quando as forças alemãs começavam a cruzar a fronteira, o tenente Wilhelm Walther iniciou o ataque. Ele e seus homens estavam disfarçados de policiais militares holandeses escoltando vários prisioneiros alemães. Os oito pegaram os defensores da ponte de surpresa e dois postos de guarda foram destruídos. No entanto, três comandos ficaram feridos e os postos do outro lado da ponte ainda estavam em mãos inimigas. Em seu uniforme holandês, Walther avançou sobre esses postos e os defensores hesitaram, não querendo atirar em um dos seus. Isso provou ser um erro fatal, pois os postos foram destruídos e os detonadores tomados, justamente quando os primeiros tanques Panzer chegaram para consolidar a vitória. Um pelotão de soldados do Regimento participou da Operação Weserübung, a invasão da Escandinávia em abril de 1940, durante a qual asseguraram instalações estratégicas na Dinamarca e na Noruega. Durante as invasões da Bélgica e dos Países Baixos na primavera de 1940, as unidades Brandenburgo revelaram-se essenciais para a tomada de pontos vitais à frente dos Panzers do General Guderian. Por seus feitos, os Brandenburgers figuraram entre as unidades mais condecoradas dos exércitos invasores alemães, conquistando a admiração do chefe da Abwehr, Almte. Canaris. Em 6 de abril de 1941, durante a Operação Marita, a invasão dos Balcãs, os os coandos conseguiram tomar a ponte estrategicamente importante sobre o rio Vardar e também asseguraram o desfiladeiro no rio Danúbio que forma parte da fronteira entre a Sérvia e a Romênia. Pouco depois, capturaram a ilha de Eubeia.

Outras missões foram exigidas dos Brandenburgers durante a fase inicial da invasão da União Soviética, em junho de 1941, visto que foram os primeiros a cruzar a fronteira, destruindo instalações de energia, cortando linhas de comunicação, disseminando desinformação e ativando "agentes adormecidos". Sua ação mais notável foi a tomada das pontes sobre o rio Daugava, em Daugavpils, em 28 de junho de 1941. Na ocasião, integrantes da 8ª Companhia dos Brandenburg Kommandos atravessaram a ponte em um caminhão soviético capturado, renderam os guardas e mantiveram a posição por duas horas, resistindo a intensos contra-ataques soviéticos. Os homens do Regimento também atuaram no extremo norte da Frente Oriental, em uma operação pouco conhecida contra Murmansk. No final de 1941, o General Schoerner foi convocado ao quartel-general do General Dietl. Dietl, na época, comandava o Exército da Lapônia e estava com dificuldades para capturar o porto de Murmansk. Schoerner elaborou um plano para levar uma equipe de comandos Brandenburger especialmente treinada para o interior das áreas de retaguarda soviéticas na Carélia central ou do norte, com o objetivo de interromper ao máximo o tráfego ferroviário de Murmansk. A meta de Schoerner era destruir o máximo possível de mercadorias do programa Lend-Lease dos EUA que estavam sendo descarregadas em Murmansk. Ele queria concentrar seus esforços iniciais em uma pequena região da Carélia, mas os superiores de Dietl expandiram o plano operacional para incluir a destruição de diversas pontes ferroviárias de Murmansk e usinas de energia regionais. No início de agosto de 1942, uma unidade Brandenburgo composta por 62 alemães do Báltico e dos Sudetos, liderada por Adrian von Fölkersam, penetrou mais profundamente em território inimigo do que qualquer outra unidade alemã. Eles haviam recebido ordens para tomar e assegurar os campos de petróleo vitais de Maikop. Conduzindo caminhões soviéticos e disfarçados como agentes da NKVD, a unidade de Fölkersam atravessou as linhas de frente soviéticas e avançou para o interior do território hostil. Logo depararam-se com um grande grupo de soldados do Exército Vermelho que fugiam da frente de batalha. Fölkersam viu ali uma oportunidade de tirar proveito da situação, ele conseguiu unir-se a eles e movimentar-se quase livremente pelas linhas soviéticas. Em 8 de agosto, com o Exército Alemão a apenas 19 km de distância, seus homens entraram em ação. Usando granadas para simular um ataque de artilharia, eles destruíram o centro de comunicações da cidade. Fölkersam então foi até os oficiais russos da guarnição e informou-lhes que uma retirada estava em curso. Tendo visto ele com o comandante soviético e sem qualquer comunicação com o restante do Exército Vermelho, os soviéticos acreditaram em sua história. Os russos partiram e o Exército Alemão entrou em Maikop em 9 de agosto de 1942, obtendo uma vitória sem derramamento de sangue.

Bem ao sul do Círculo Polar Ártico, os soldados da Brandemburgo também atuavam no Norte da África. Rommel, sempre um comandante que gostava de correr riscos para alcançar resultados, deu aos comandos carta branca em suas atividades operacionais, embora os tenha proibido de usar uniformes inimigos. Durante o mês de outubro de 1941, eles fizeram duas tentativas de se infiltrar no Cairo para contatar nacionalistas árabes e ajudá-los a organizar uma insurreição contra os britânicos. A primeira tentativa de chegar ao Cairo foi feita por meio de uma operação de infiltração marítima. Essa tentativa fracassou e a equipe retornou às suas bases na Líbia. A segunda tentativa consistiu em desembarcar uma equipe de paraquedas perto do Cairo. Essa também terminou em fracasso. Outra equipe partiu de carro e caminhão, atravessando o Egito perto da cidade de Assiut para se encontrar com nacionalistas árabes. Essas conversas germano-árabes incluíram Anwar Sadat, que mais tarde se tornaria presidente do Egito. No entanto, nada resultou desses encontros. Pouco antes da capitulação de todas as forças alemãs e italianas no Norte da África, em maio de 1943, os membros sobreviventes da unidade na África foram retirados e trazidos de volta à Alemanha. Em meados de 1943, muitas unidades do Regimento foram deslocadas dos Balcãs e participaram de ações para desarmar soldados italianos que haviam se unido aos Aliados. Uma área vital era a ilha de Kos, no arquipélago do Dodecaneso, ao largo da costa da Turquia. Kos havia sido tomada por tropas britânicas em setembro de 1943, e uma grande guarnição de tropas italianas aliadas também estava presente. Juntamente com forças paraquedistas da Luftwaffe, os comandos participaram da retomada da ilha. Em 25 de maio de 1944, membros anexados ao SS-Fallschirmjäger-Bataillon 500, participaram da malsucedida Operação Rösselsprung, uma operação aerotransportada para capturar o líder partisan iugoslavo Josip Broz Tito. Em setembro de 1944, decidiu-se que unidades de operações especiais não eram mais necessárias. A Brandenburgo tornou-se a Divisão de Infantaria Brandenburgo e foi transferida para a Frente Oriental. Aproximadamente 1.800 homens (incluindo von Fölkersam) foram transferidos para o SS-Jäger-Bataillon 502 do Coronel Otto Skorzeny até o fim da guerra. Apenas o Regimento Kurfürst manteve sua função original como unidade de comandos. No final de 1944, a divisão foi equipada com um Regimento Panzer, renomeada como Panzergrenadier-Division Brandenburg e retornou à Frente Oriental, onde estiveram envolvidos em combates intensos perto de Memel, até sua retirada juntamente com a Divisão Großdeutschland via balsa para Pillau, onde a divisão foi praticamente aniquilada em combates intensos próximo à cidade e apenas 800 homens conseguiram escapar para a estreita faixa de terra de Frische Nehrung. Após a guerra alguns se alistaram na Legião Estrangeira Francesa e lutaram na Guerra da Indochina (1945 a 1954), onde suas habilidades se mostraram valiosas.